A folyamatos koncertezés mellett '99 végén megjelenik első klippjük is, a Sugar. Továbbra sem állnak le a fellépésekkel, 2000-ben a Sno-Core turnén vesznek részt, de még ez év eleje körül megjelenik második videóklippjük is, melyet a Spiders című számukra készítettek. Elkezdik a következő albumra írni a dalokat, de ez félbemarad, és folytatják a fellépéseket.

Majdnem három év kemény turnézás után végre 2000 nyarán elkezdik írni a dalokat, 2001 február elejen pedig már hozzálátnak a második album stúdiómunkálataihoz. John: - "Olyan sok időt töltöttünk turnézással az elmúlt három évben, hogy lehetetlen lett volna egyetlen új nótát is írni. A dalszerzők ugyan próbáltak komponálni útkzben is, de nagyon nehézkesen ment, így a dolgok csak akkor jöttek össze, amikor végre hazaértünk, ugyanis nem igazán volt időnk pihenni az első lemezünk óta. Szóval kihagytunk két hetet a hazatérésünk után, majd béreltünk egy stúdiót, és 2000 nyarán aztán nekiláttunk a komponálásnak. Hat vagy hét hónapon át dolgoztunk, és harminckét dallal készültünk el. Sohasem henyéltünk, de a jó dolgoknak olykor kell egy kis időt adni, ha minőséget akarsz, várnod kell rá."
A második lemez producere szintén Rick Rubin lesz, és a hollywoodi Cello Stúdióban veszik fel a számokat. Összesen harminchárom számot rögzítettek, amit aztán tizennégyre szűkítettek, és ezek kerültek fel a "Toxicity" névre hallgató második hivatalos lemezükre. A megjelenést 2001. június 20-ára tervezték, de elhalasztották augusztus 14-ére. Végül ez se jött össze. A végleges dátum 2001. szeptember 4-e lesz, mikor végre napvilágot lát az album. Nemcsak a bandatagok voltak elégedettek az alkotásukkal, hiszen pár hónap múlva platina lemez lesz és az év albumakén emlegetik. A Billboard 200-as listáján első helyen áll, és csak az Egyesült Államokban 3,3 millió példányban kel el. Szóval igazán kitettek.

2004-ben hasonló útakon járnak, mint '03-ban, mindenki másfelé. Serj és Daron a kiadójuknál munkálkodó bandákkal törődik, John a "Scum of the Earth" (Rob Zombie gitáros Riggs és a Powerman 5000-ből Mike Tempesta) "Blah...blah...blah... Love Songs for the New Millennium" debutáló lemezénél vendégeskedik egy számnál, a "Little Spider"-nél, Shavo pedig producerkedik egy Taproot videónál.
Áprilisban egy Axis of Justice koncert keretében meglepetésként a banda előad pár dalt. Erről az évről nagyon röviden ennyi.

"Forradalmi album lesz. Bedobozolunk mindent, amit eddig csináltunk. Újrakezdünk mindent, mint egy vadiúj csapat. Úgyhogy új zenét fogtok hallani. A System lesz az, de másképpen. Először az emberek azt gondolták rólunk, hogy amit mi csinálunk, olyat még senkitől sem hallottak. Nos, ez így fog történni még egyszer." - nyilatkozta Shavo.
"A dalokat végigjátsszuk, felvesszük, meghallgatjuk, aztán eldöntjük, mit kéne javítani rajta - refrént ismételni, átszerkesztés, mindannyian kölcsönösen hatunk egymásra. Sziporkázó dolgok vannak az új számokban, az egész művet egyetlen nagyszerű pillanattá szeretnénk tenni. Az egész világ megőrült az elmúlt években, és ez ránk, illetve a dalszerzésre is nagy hatással volt - jelentette ki Daron.
- Szeretnénk egy igazi nagy rock lemezt készíteni, egy olyat, ami kemény, de érzelmekben is az, nem csak a riffekben. Ezek a dalok sokkal vadabbak, ugyanakkor melodikusabbak is, mint az eddigiek - mesélte a Rolling Stone magazinnak. "Ezeken valóban érezhető a keleti hatás. Sokan, az előző albumainkat hallva, azt mondták, hogy milyen jó kis keleti elemek vannak a zenében, pedig nem is voltak. Na de most tényleg lesznek! -
"Valami újat akartunk. Más rezgést, előrelépést." - Serj.

Habár a hírek szerint az új album stúdiómunkálatait még '03 októberben,
legkésőbb novemberében szerették volna elkezdeni, mégis erre '04 júniusa és novembere között került sor a Laurel Canyon stúdióban. A producer ismét Rick Rubin és Daron Malakian.
A banda annyira beledolgozott, hogy egyszerre két lemezt adnak ki, jobban mondva pár hónap különbséggel. Körülbelül harminc dalt írtak, és úgy gondolják, hogy legtöbbje jóra sikeredett, ezért "ikerlemezeket" adnak ki. Az elsőt "Mezmerize" néven 2005. május 17-én adják ki, a másikat pedig az év második felében, "Hypnotize" néven.
Az év márciusában felveszik a B.Y.O.B. című számuk klippjét, amit Jake Nava rendezett, és már a következő hónapban vetítik is a tv-csatornák. A terv szerint az első album, a "Mermerize", napvilágot lát, habár a megjelenés előtt is meg lehetett rendelni az albumot. A lemezen 11 dal kap helyet, melyek közül egy-két dal korábban is elérhető volt az interneten. Hangmérnök Johnny Polonski, a keverés ismét Andy Wallace dolga, és mint a "Toxicity"-nél, itt is jelen van egy bizonyos zenekar, melynek producere John Paul Jones. Már az első hét után világszerte 800000 példányban kelt el és ismét, akár a Toxicity, a Billboard lista első helyezettje.
Az év eddigi részében folyamatos turnézáson vesznek részt. Év elején részt vesznek másodszor is a "Big Day Out"-on, aztán megfordulnak néhány európai városban, utána vissza amerikába a Guerilla Club turnén, és most szintén EU-ban lépegetnek fel.